Fue fundada en 1531. Su nombre primigenio según se desprende de un documento del año 1577 es el de Cofradía de la Sagrada Pasión de Cristo y Cofradía de la Santísima Pasión de Nuestro Señor Jesucristo. A partir de 1805 se puede leer Cofradía de Nuestra Señora de la Pasión y Muerte de Nuestro. Señor Jesucristo. Por lo que parece el nombre original era el de La Pasión de Cristo y al llamar Virgen de la Pasión a la imagen de la Piedad que presidió la Iglesia, y que actualmente se encuentra en la iglesia del Real Monasterio de San quirce y Santa Julita, la advocación Mariana fue adquiriendo importancia hasta unirse al nombre de la Cofradía.
Se agregó posteriormente a la Venerable Compañía de San Juan Bautista Degollado, llamada de La Misericordia de la nación Florentina fundada en Roma, con lo cual todas las bulas y privilegios concedidos por los papas a la Cofradía italiana pasan a la vallisoletana en razón de su agregación por bulas de Julio III, Paulo III y Pió IV y Pió V.
La fiesta de la Cofradía actualmente es el 29 de agosto, día en que se celebra la Degollación de San Juan Bautista.
La Obra de Misericordia que cuidaban especialmente los cofrades de la Pasión era la de ayudar y consolar a los condenados a muerte y disponerles a bien morir, acompañándoles al suplico, y una vez ejecutados, darles cristiana sepultura, así como atender a las necesidades de sus familias, por lo cual, salían pidiendo limosna trece diputados por las calles haciendo repicar unas campanillas de muy triste sonido diciendo en voz alta: "Haga bien para hacer bien por el anima de este hombre que sacan a ajusticiar". Acabada la ejecución y con permiso que pedían a los alcaldes de la sala del crimen se hacían cargo del cadáver del ajusticiado para ser enterrado en el Humilladero, que tenía la Cofradía, a las afueras al otro lado del Puente Mayor, el Domingo de Lázaro acudían hasta allí para recoger los huesos y después de una larga procesión con sus paradas y rezos de misereres, les daban definitiva sepultura en el Convento de San Francisco, acto que realizaba desde 1578 la Cofradía de la Pasión, tuvo estrecha relación con el Convento de la Trinidad Calzada sito en la actual calle de María de Molina, a continuación del Real Monasterio de San Joaquín y Santa Ana.
El arzobispo de Valladolid D. Remigio Gandásegui, considerando que la iglesia de la Pasión estaba en estado ruinoso, ordenó que fuera abandonada, creando a la Cofradía el grave problema de no saber donde guardar los pasos que tenía. No obstante el prelado ofreció la posibilidad de guardarles en el Museo Nacional de Escultura donde no todas fueron a parar. Por expreso deseo de la Cofradía el Santísimo Cristo del Perdón no se trasladó al Museo, encontrando asilo en la de San Felipe Neri, alllí permaneció hasta 1948, año en que el Arzobispo de Valladolid Dr. García García decidió trasladarlo al Santuario Nacional de la Promesa, en donde se quedó la imagen de la Virgen de la Pasión. La Cofradía del Santísimo Cristo del Perdón desde que abandonó su iglesia adoptó este nombre de una antigua comisaría de la Cofradía de la Pasión creada en 1700, nombre que mantuvo hasta 1992, año en que removiendo papeles recobra su primitivo y originario nombre, así como una gran parte de su patrimonio, imaginero y procesional.
En 1954 se traslada junto con la imagen del Cristo del Perdón a la Iglesia de Santa María Magdalena el 22 de noviembre.
El 23 de octubre de 1993 recuperado su nombre y los documentos que lo atestiguan se trasladan a la Iglesia del Real Monasterio de San Quirce y Santa Julita. A parte de la fiesta del 29 de agosto Degollación de San Juan Bautista celebro el 15 de septiembre, festividad de Los Dolores de la Virgen, a su patrona Nuestra Señora María Santísima del La Pasión.
Santísimo Cristo del Perdón (Bernardo del Rincón, 1656). Se le atribuyó a varios escultores hasta la aparición de un contrato del hoy autor reconocido con la Cofradía de la Pasión por cien ducados de vellón, siendo elección del pintor Diego Valentín Díaz. Desfiló por primera vez en 1657 y según los escritos de 1661, se le llamaba "Paso de la Humildad de Cristo". Se conserva en su actual sede desde 1993 tras pasar por San Felipe Neri, el Santuario y la iglesia de la Magdalena.
Días que procesiona:
- Jueves Santo: Procesión de Oración y Sacrificio
- Viernes Santo: Procesion General de la Sagrada Pasión del Redentor
Cristo de las Cinco Llagas(Manuel Álvarez, 1548-1563). Estuvo en el Museo de Escultura y formando parte del paso Todo está consumado desde los años 1920 hasta 1993 en que le recuperaron sus propietarios.
Días que procesiona:
- Sábado de Pasión: Ejercicio Público de las Cinco Llagas
Nuestro Padre Jesús Flagelado (Escuela Castellana, h. 1650). Imagen principal del paso procesional del Azotamiento o Flagelación de Cristo, y se trata de una talla que representa a Jesús atado a la columna, cuya posible autoría, fechada hacia 1650, sea de Antonio de Ribera o de Francisco Díez de Tudanca.
Días que procesiona:
- Jueves Santo: Procesión de Oración y Sacrificio
- Viernes Santo: Procesion General de la Sagrada Pasión del Redentor (Con la cofradía de N.P. Jesús Atado a la Columna junto al paso del Azotamiento
Santo Cristo del Calvario (Anónimo S. XVII) era la imagen central del llamado "Paso Nuevo de la Virgen y San Juan" y, aunque en ocasiones se ha hablado de la posible intervención del escultor y Alcalde de la cofradía Francisco Díez de Tudanca en la talla de ese conjunto procesional, hasta la fecha no se ha podido documentar dicha intervención, por lo que lo único seguro es que se trata de un anónimo castellano, tallado a mediados del s. XVII.
Días que procesiona:
- Jueves Santo: Procesión de Oración y Sacrificio
Nuestro Padre Jesús con la Cruz a cuestas. (Gregorio Fernández 1614). Esta representación de Cristo cargado con la cruz a cuestas, sobre su hombro izquierdo y sosteniendo uno de los brazos del patibulum con las dos manos, se presenta de pie, con la espalda arqueada denotando el peso de la cruz, tiene tallado el cuerpo desnudo, cubierto por una túnica de tela natural que refuerza el realismo de la imagen. En su hombro derecho figura incisa una P, como procedente de la Cofradía de La Pasión y también presenta una chapa metálica para encajar el extremo de la lanza con la que era herido por un sayón.
Días que procesiona:
- Jueves Santo: Procesión de Oración y Sacrificio
Ejercicio Público de las Cinco Llagas (Sábado de Pasión, 19:00 horas). La cofradía porta a hombros el Santísimo Cristo de las Cinco Llagas por las calles de la zona de San Quirce, con cinco actos de oración que tienen lugar en conventos de clausura.
Procesión de Oración y Sacrificio (Jueves Santo, 20:00 horas). Es la procesión titular de la cofradía, portando los pasos de Nuestro Padre Jesús Flagelado, Cristo con la cruz a cuestas, Santísimo Cristo del Perdón y Cristo del Calvario. Los cofrades cercanos a los pasos llevan en la parte interior de su hábito una esquila que con el movimiento suena, dotando de una sonoridad peculiar al paso de las imágenes.
Procesión General de la Sagrada Pasión del Redentor (Viernes Santo, 19:30 horas). Acompañan a su paso titular, el Santísimo Cristo del Perdón.
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